GCTA学习2 | 软件下载安装--windows和Linux

第一篇：gcta学习1 | 抛砖引玉--初步介绍

本文将介绍如何安装GCTA软件。

1. 获取安装包

   GCTA的官方下载地址为：https://www.php.cn/link/f8e022748d5214eb5ce98d3f69a0036c

   

   该软件是开源的，其源代码可以在GitHub上找到：https://www.php.cn/link/15b31d721471a77f63036c45b8b63830

2. Linux系统安装与测试

   2.1 下载

   在终端中运行以下命令进行下载：

   wget https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/bin/gcta_1.94.0beta.zip

   下载完成后，您将看到以下文件：

   

   文件名：

   gcta_1.94.0beta.zip

   2.2 解压

   运行以下命令进行解压：

   unzip gcta_1.94.0beta.zip

   解压后，您将看到以下文件结构：

   gcta_1.94.0beta
   ├── gcta64
   ├── MIT_License.txt
   ├── README.txt
   ├── test.bed
   ├── test.bim
   ├── test.fam
   └── test.phen

   2.3 测试

   进入gcta_1.94.0beta文件夹，运行以下命令进行测试：

   利用plink的二进制文件，构建G矩阵（使用Yang的方法），生成二进制亲缘关系矩阵。

   ./gcta64 --bfile test --make-grm --out gmat

   运行日志如下：

   Options:
   --bfile test
   --make-grm
   --out gmat
   Note: GRM is computed using the SNPs on the autosomes.
   Reading PLINK FAM file from [test.fam]...
   3925 individuals to be included from FAM file.
   3925 individuals to be included. 1643 males, 2282 females, 0 unknown.
   Reading PLINK BIM file from [test.bim]...
   1000 SNPs to be included from BIM file(s).
   Computing the genetic relationship matrix (GRM) v2 ...
   Subset 1/1, no. subject 1-3925  3925 samples, 1000 markers, 7704775 GRM elements
   IDs for the GRM file h*e been s*ed in the file [gmat.grm.id]
   Computing GRM...  100% finished in 0.3 sec
   1000 SNPs h*e been processed.  Used 1000 valid SNPs.
   The GRM computation is completed.
   S*ing GRM...
   GRM has been s*ed in the file [gmat.grm.bin]
   Number of SNPs in each pair of individuals has been s*ed in the file [gmat.grm.N.bin]

   生成的结果文件包括：

   建站之星(sitestar)网站建设系统体验包2.3

   建站之星网站建设系统是一种全新的互联网应用模式，它一改过去传统的企业建站方式，不需企业编写任何程序或网页，无需学习任何相关语言，也不需第三方代写或管理网站，只需应用系统所提供的各种强大丰富的功能模块，即可轻松生成企业个性化的精美网站。 SiteStar v2.3本地软件体验包说明：为方便客户能够第一时间体验智能建站软件的强大功能，我们特别提供了本地软件体验包，您只需下载下来并安装在您的计算机上（和

   0 查看详情

   gmat.grm.bin  gmat.grm.id  gmat.grm.N.bin  gmat.log

3. Windows系统安装与测试

   3.1 下载

   

   3.2 解压

   

   3.3 测试

   在bin文件夹中打开git终端：

   

   运行以下命令进行测试：

   ./gcta64.exe --bfile ../test --make-grm --out ../gmat

   

   生成的结果文件如下：

   

4. 安装成功确认

   可以看到，Windows和Linux系统的运行命令是相同的。GCTA也支持Mac系统，与plink类似。

5. 使用提示

   为了更方便地使用GCTA，可以将gcta64可执行文件复制到bin文件夹下，这样就可以直接输入gcta64进行分析。

   在Windows系统下：

   cp gcta64.exe ~/bin/

   在Linux系统下：

   cp gcta64 ~/bin/

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